Fiskodling bedrivs med tillstånd som beviljas utgående från en miljökonsekvensbedömning inkluderande tillgängliga miljöfakta och eventuella intressekonflikter.

Fiskodlingarnas utsläpp och belastning på vattemniljön kontrolleras kontinuerligt för varje företag, region och för hela landet. Belastningen utgörs främst av överskott i form av närsalter från foder och utfodring. Belastningen har minskat kraftigt under de sista tio åren.

Belastningens inverkan på vattenmiljön kontrolleras genom ett kontrollprogram som bekostas av fiskodlarna.

Fiskodlingen har ett av statsråd och landskapsregeringen på Åland fastställt målprogram för vattenskyddet till år 2005. I ett handlingsprogram har man fastställt riktlinjerna för hur målen skall uppnås. Man har även uppgjort ett uppföljningsprogram för forskning och utveckling för att befrämja detta.